Un día como hoy pero del año 2000, el reconocido médico decidió quitarse la vida con un disparo al corazón. El creador del bypass coronario redactó siete cartas que dejó en su departamento del barrio de Palermo, las cuales fueron dirigidas a amigos, familiares, colegas y una de ella a «las autoridades».
En el último escrito, el cirujano dejó en claro que una de las principales razones que lo llevaban a tomar la decisión era la crítica situación financiera de su Fundación y la imposibilidad de cobrar las deudas que tenían con ella distintos organismos, entre los que se encontraba el PAMI, dirigido por el actual jefe de Gobierno Porteño Horacio Rodríguez Larreta.
Un día antes, Favaloro le había enviado una carta al entonces presidente de la Nación Fernando de la Rúa, donde le confesaba estar «desesperado» y solicitaba que intercediera ante empresarios para obtener fondos y poder salir de la difícil situación económica, pero no hubo respuesta.
En ella expresaba que «El PAMI tiene una vieja deuda con nosotros de 1.900.000 pesos; la hubiéramos cobrado en 48 horas si hubiéramos aceptado los retornos que se nos pedían». “Ser honesto en esta sociedad corrupta tiene su precio, te lo hacen pagar” agregaba.
«El PAMI tiene una vieja deuda con nosotros -creo desde el año ’94 o ’95- de 1.900.000 pesos; la hubiéramos cobrado en 48 horas si hubiéramos aceptado los retornos que se nos pedían», decía una de las cartas que tiene fecha del 29 de julio del 2000. También, Favaloro sostenía haberse «negado sistemáticamente a quebrar los lineamientos éticos, como consecuencia, jamás dimos un solo peso de retorno».
Según se conoció en los días siguientes al suicidio, la «vieja deuda» con el PAMI a la que refería Favaloro estaba basada en 195 facturas emitidas entre 1993 y 1995. Sin embargo, PAMI siguió negando la existencia de las facturas y la Fundación debió recurrir, a principios del año 2000, a la Sindicatura General de la Nación (SIGEN). En caso de no poder verificar las facturas presentadas por la Fundación, la SIGEN recomendaba que se iniciara un proceso de «conciliación obligatoria».
Después de la muerte de Favaloro, Rodríguez Larreta que contaba a su lado con la ex gobernadora bonaerense y ahora precandidata a diputada por la Ciudad, María Eugenia Vidal, como asesora de Recursos Humanos del PAMI; negó en una entrevista con Radio Mitre que existiera alguna «deuda verificada» con la Fundación y que solo se trataba de un «viejo reclamo de facturas» que no aparecían «en los libros contables del PAMI».
De las cartas que dejó Favaloro se desprende que el monto total de las deudas que debía cobrar la Fundación al momento de su muerte se acercaba a los 18 millones de pesos, suma acumulada por servicios prestados principalmente a PAMI pero también a IOMA, obras sociales sindicales y empresas de medicina prepaga.