Nació en Villa Luro, Buenos Aires, el 7 de octubre de 1930. Hoy cumpliría 91 años, el cura que da nombre al barrio de la Villa 31 y que más influyó a Francisco.
Mugica se crió en el seno de una familia aristocrática y antiperonista, eso hizo que en 1955 festeje el derrocamiento de Perón. Sin embargo, las paredes hablan a través de sus graffitis. Una leyenda rezaba en una pared del conventillo de La Boca “Sin Perón no hay Patria ni Dios”, y pensó, “o yo estoy equivocado o las compañeras y compañeros del conventillo están equivocados”.
Se produce una crisis en su identidad políticas y de esta manera se acerca al peronismo, donde encuentra similitudes con el evangelio. Se convierte en un cura del tercer mundo, del movimiento villero peronista, de ahí en más, vivió como pobre y junto a los pobres.
A los 21 años abandonó sus estudios de abogacía en la Universidad de Buenos Aires e ingresó en el Seminario Metropolitano de Buenos Aires. El 20 de diciembre de 1959 fue ordenado sacerdote en la Catedral porteña.
El Padre Carlos Mugica fue un hombre coherente, producto de su época, un pastor, el primer cura villero, quien puso en ejecución un pensamiento teológico nuevo que venía –con todas las ingenuidades del caso– a tratar de liberar al hombre.
El impulsor del movimiento de los curas villeros citó en una entrevista la frase que lo hizo dar un viraje en sus creencias «Antes de hablarle de Dios a una persona que no tiene techo, es mejor conseguirle un techo».